Конгрес

Висш орган на КНСБ е Конгресът. Редовните конгреси се провеждат веднъж на пет години. Решенията за тяхното провеждане се вземат от Координационния съвет. При необходимост могат да се провеждат извънредни конгреси, които имат всички правомощия на редовен конгрес. Извънредните конгреси се свикват от Координационния съвет по писмено искане на: не по-малко от 1/3 от основните членове, Изпълнителния комитет на КНСБ или Президентът на КНСБ.

Централна контролна комисия

Централната контролна комисия (ЦКК) е орган за цялостен контрол на изпълнението на Устава и решенията на ръководните  органи на Конфедерацията, на финансово стопанската дейност и участието в съвместни дейности на КНСБ, на нейните органи и звена. Състои се от председател и заместник-председатели, избрани от Конгреса, както и представители на основните членове на Конфедерацията с численост над 10 000 души, избрани от техните органи.

Координационен съвет

Координационният съвет (КС) на КНСБ е колективен орган за управление, който организира и провежда цялостната дейност на Конфедерацията между два конгреса. КС се формира и осъществява своите функции в съответствие с чл.18, 23, 24, 25, 26 и 27 от Устава на КНСБ.

Изпълнителен комитет

Изпълнителният комитет (ИК) е постоянно действащ колективен орган за оперативно управление дейността на КНСБ. ИК се формира и осъществява своите правомощия в съответствие с чл.18, 28, 29 и 30 от Устава на КНСБ. 

В състава на ИК влизат по право председателят, заместник-председателите и изпълнителните секретари на КНСБ и избрани от Координационния съвет представители на основните членове на КНСБ. По своя преценка ИК може да привлича външни експерти за консултантски услуги и да създава работни групи по различни проблеми. 

Президент

Президентът на КНСБ се избира от конгреса  с тайно поименно едновременно гласуване и обикновено мнозинство от присъстващите делегати.