Институтът за социални и синдикални изследвания (ИССИ) -е изследователско звено на Конфедерацията, в което е концентриран сериозен научен потенциал от научни сътрудници и изследователи.
Основни сфери на дейност на ИССИ са изследвания, консултации и обучение в следните области: развитие на синдикализма и индустриалните отношения - историческо развитие; структури; социално партньорство; колективно договаряне; колективни трудови спорове; протестни действия и стачки; международно синдикално движение; пазар на труда и стратегии на синдикатите; приватизация; социална политика – жизнено равнище, цени, доходи, социална защита. Основните резултати от изследванията на ИССИ се използват от КНСБ при преговорите с правителството, международните финансови институции и при изработване на стратегията на Конфедерацията в различни проблемни области. Към него е изграден Ресурсен център, в който се събира българска и чуждестранна литература по направления, представляващи интерес за синдикатите.
Институтът е национален кореспондент на Европейската обсерватория по индустриални отношения към Европейската фондация за подобряване на условията на живот и труд и участва в Мрежата за глобална политика (GPN) към Института за икономическа политика във Вашингтон, САЩ, Глобалната мрежа на синдикатите за изследвания (GURN) към МОТ, мрежата по колективно договаряне към Европейската конфедерация на профсъюзите (ЕКП) и др.